En los dos meses siguientes, el Duque de Alba toma varias ciudades portuguesas sin apenas combatir. Su mera presencia y la de los Tercios tras de sí es factor suficiente para desmoralizar a los lusos, que se dan por vencidos antes incluso de recibir un arcabuzazo.
Por el contrario, el ejército de Felipe II se enfrenta a enemigos más peligrosos como las epidemias (un extraño «catarro» que se llevó a la muerte a decenas de soldados, según narra William S. Maltby en su obra «El Gran Duque de Alba»), la falta de moral de sus hombres debido al calor, y el abrupto terreno que hizo que muchas carretas de bueyes acabasen destrozadas sobre la tierra. Sin embargo, se mantiene estoico con un solo objetivo: llegar hasta Lisboa para enfrentarse al Prior.
En lo que respecta a la infantería, el ejército del Duque de Alba abandonó la patria con (aproximadamente) los siguientes soldados:
1-Tercios de infantería española. 16.200 hombres.
Tercio de Nápoles.
Tercio de Lombardía.
Tercio de Rodrigo Zapata.
Tercio de Martín Argote.
Tercio de Luis Enríquez.
Tercio de Antonio Moreno.
Tercio de Gabriel Niño de Zúñiga.
Tercio de Pedro de Ayala.
Tercio de Francisco Valencia.
2-Tercios de infantería italiana. 4.200 hombres.
Tercio de Próspero Colonna.
Tercio de Carlos Spinelli.
Tercio de Carlos Caraza.
3-3.500 infantes alemanes del regimiento de Don Jerónimo Lodrón.
Además, el Duque de Alba seleccionó un reducido grupo de caballería para la contienda con el objetivo de abaratar el coste de la campaña (pues es más caro alimentar a un hombre y a un animal, que únicamente a un infante). Así pues, salió para Portugal 12 compañías de Guardas Viejas de Castilla (846 jinetes) y 7 compañías de caballos ligeros (otros 400).
Finalmente, movilizó 57 piezas de artillería entre cañones de gran calibre, medios cañones, medias culebrinas, falconetes y esmeriles.
En cuanto a los oficiales, el Duque otorgó el mando de la caballería a Hernando de Toledo (su hijo) y a Francés de Álava el de la artillería. Como «maese» de campo general, el líder estableció a Sancho Dávila con el objetivo de organizar los lugares en los que «se hubiera de alojar, estar y residir toda dicha infantería y caballería en cualesquier partes»
—Felipe II era hijo de Isabel de Portugal, la hija mayor del Rey Manuel I (abuelo de Sebastián).
—Ranuccio Farnesio de Parma, de 11 años, hijo de la primogénita de Eduardo de Avís, el hijo menor del Rey Manuel I. Siendo Alejandro Farnesio –el padre de Ranuccio– sobrino de Felipe II y uno de sus principales generales, nadie defendió sus derechos.
—La Emperatriz María de Habsburgo, hermana de Felipe II.
—El Duque Manuel Filiberto de Saboya, el general victorioso de Felipe II en la batalla de San Quintín, era hijo de Beatriz de Portugal, la hija menor de Manuel I.
—La Duquesa Catalina de Braganza era la segunda hija de Eduardo de Avís.
—El Infante don Antonio, prior de Crato, era nieto por vía masculino de Manuel I, pero era hijo bastardo de Luis de Avís.
Con la muerte del Cardenal-infante don Enrique –senil y demasiado mayor para tener un hijo– se precipitó una carrera por el trono de Portugal que Felipe II no estaba dispuesto a perder. Había comenzado una guerra, y el «Prudente» hizo llamar a una buena parte de sus Tercios.
«El reino de Portugal lo heredé, lo compré y lo conquisté», aseguraría Felipe IIaños después. El rey prudente contaba con el apoyo de buena parte de la nobleza portuguesa y el beneplácito de las potencias europeas (más bien resignación), pero el levantamiento popular promovido por Antonio, el Prior de Crato, hijo bastardo del infante Luis de Portugal, obligó al Imperio español a iniciar las operaciones militares.